2002年12月,经市机构编制委员会以巴编发〔2002〕136号批准成立巴中市医疗卫生技术咨询所。2007 年１月经巴中市机构编制委员会同意更名巴中市卫生技术管理中心。同时巴中市卫生局项目管理中心、巴中市卫生信息中心、巴中市卫生人才培训中心挂靠市卫生技术管理中心，核定事业编制23人，员额编制2人，共有人员25人。

2012年9月，中共巴中市委机构编制委员会办公室以巴编办发〔2012〕163号文件批准，设立巴中市健康教育和卫生管理中心, 为市卫生局直属公共卫生事业单位,核定财拨事业编制21名。

2016年7月，中共巴中市委机构编制委员会办公室以巴编办发〔2016〕108号文件批准，同意“巴中市卫生和计划生育干部培训中心”由巴中市卫生和计划生育委员会人事科挂牌机构调整为“巴中市健康教育和卫生管理中心”挂牌机构。

2017年7月，中共巴中市委机构编制委员会办公室以巴编办发〔2017〕98号文件批准，中心挂牌的巴中市卫生信息中心更名为巴中市卫生和计划生育信息中心，内设的医疗紧急救援指挥科更名为宣传科教科，内设的卫生项目管理科更名为信息统计科。

2020年9月，中共巴中市委机构编制委员会办公室以巴编办发〔2020〕37号文件批准，将原巴中市深化医药卫生体制改革领导小组办公室4名事业编制划转到巴中市健康教育和卫生管理中心。划转后，巴中市健康教育和卫生管理中心事业编制25名。内设机构有办公室、学会管理办公室、卫生考试培训科、宣传科教科、信息统计科。

2025年12月，中共巴中市委机构编制委员会办公室以巴编发〔2025〕80号文件批准，将原市卫生和计划生育监督执法支队负责的巴河以北城市规划区内的卫生健康监督执法职责调整到巴州区。巴州区卫生健康主管部门承担行政区划内卫生健康监督执法工作，巴州区疾病预防控制中心承担行政区划内公共卫生、医疗卫生等监督执法任务。市级同步划转7名事业编制至巴州区(市卫生健康委所属事业单位市健康教育和卫生管理中心划转空缺事业编制2名，市级事业编制总量内调剂5名)，用于保障巴州区卫生健康监督执法工作力量。划转后，巴中市健康教育和卫生管理中心事业编制23名。