2002年12月,经市机构编制委员会以巴编发〔2002〕136号批准成立巴中市医疗卫生技术咨询所。2007 年１月经巴中市机构编制委员会同意更名巴中市卫生技术管理中心。同时巴中市卫生局项目管理中心、巴中市卫生信息中心、巴中市卫生人才培训中心挂靠市卫生技术管理中心，核定编制22人，人员17人。

2012年9月，中共巴中市委机构编制委员会办公室以巴编办发〔2012〕163号文件批准，设立巴中市健康教育和卫生管理中心, 为市卫生局直属公共卫生事业单位,核定财拨事业编制21名。

2016年7月，中共巴中市委机构编制委员会办公室以巴编办发〔2016〕108号文件批准，同意“巴中市卫生和计划生育干部培训中心”由巴中市卫生和计划生育委员会人事科挂牌机构调整为“巴中市健康教育和卫生管理中心”挂牌机构。

2017年7月，中共巴中市委机构编制委员会办公室以巴编办发〔2017〕98号文件批准，中心挂牌的巴中市卫生信息中心更名为巴中市卫生和计划生育信息中心，内设的医疗紧急救援指挥科更名为宣传科教科，内设的卫生项目管理科更名为信息统计科。

2020年9月，中共巴中市委机构编制委员会办公室以巴编办发〔2020〕37号文件批准，将原巴中市深化医药卫生体制改革领导小组办公室4名事业编制划转到巴中市健康教育和卫生管理中心。划转后，巴中市健康教育和卫生管理中心事业编制25名。内设机构有办公室、学会管理办公室、卫生考试培训科、宣传科教科、信息统计科。